L'Hôtel-Dieu a disposé de trois cimetières, soit dans l'ordre chronologique : une portion des Innocents spécialement affectée depuis au moins le XIIIe siècle, une partie de l'enclos de l'hôpital de la Trinité à partir de 1350 (peste noire), le cimetière dit de Clamart au faubourg Saint-Marcel, où les premiers cadavres ont été ensevelis en janvier 1673.